Так как в @@system.sessions запросов много, а в show threads пусто, то значит, что оно зависло где-то и не может передать на выполнение приходящие запросы
в момент зависания запрос SHOW INDEX name STATUS проходил по всем RT-индексам, кроме одного (на нем был TIMEOUT).
если это повторяется, то тем более.
В общем, нужен вывод gdb, чтоб уже на уровне тредов посмотреть, что там происходит.