нет никаких измененных документов в индексе, в дельту вы индексируете отдельно документы, отдельно killlist. killlist должен содержать все номера документов, которые вы проиндексировали в delta индекс, если вы выбрали такой путь и используете опцию killlist_target = products_main_0:kl
дальше при ротации delta индекс, он просто берет и отмечает все документы из delta.killlist_target в main индексе убитые. Есть ли такие документы в delta, изменены они или удалены - вы сами должны следить, сами индексы не знают изменен ли этот документ или это дубликат или это убитый документ