Возможно ли каким-то образом сделать source с двумя БД
Да. Типа xmlpipe2, csvpipe или tsvpipe. Пишете небольшой скрипт, который делает то, что вам нужно, а на выходе даёт xml / csv или tsv.
индекс по двум разным source?
Да. Просто указываете 2 source в индексе. https://manual.manticoresearch.com/Creating_an_index/Local_indexes/Plain_and_real-time_index_settings#source